یکی از انواع مهم فاضلاب، فاضلاب بیمارستانی است. همانطورکه فاضلاب بیمارستانی اهمیت زیادی دارد، تصفیه فاضلاب بیمارستانی اهمیت بیشتری از خود آن دارد. فاضلاب ناشی از بیمارستانها و مراکز بهداشتی درمانی به طور کلی از نظر کیفی تقریباً مشابه فاضلاب شهری هستند اما ممکن است دارای مواد و ترکیبات بالقوه سمی و عفونی نیز باشند که سلامت محیط، کارکنان شاغل در بخش بهداشت و درمان و کل جامعه را به خطر بیندازد.